Isabelle Menke est née à Brême en Allemagne. Membre de plusieurs chorales de Brême, elle chante à l’opéra (Lulu d'Alban Berg, entre autres) et prend des cours de piano et de chant au conservatoire. Après le bac, elle est admise à Hambourg pour des études de mise en scène d’opéra, puis devient assistante au Thalia–Theater.

Suivent une formation de comédienne au Mozarteum de Salzbourg et des engagements dans les théâtres de Lübeck, Zürich, Hanovre et depuis 2006, Bâle. Elle fait également du cinéma, dernièrement pour le rôle principal dans le film Montag, présenté à la Berlinale en 2006. En Suisse, elle fait la connaissance du metteur en scène et compositeur Ruedi Häusermann, avec qui elle collabore dans nombreux spectacles: parmi eux, Rosamunde de Elfriede Jelinek pour quatuor à cordes, percussions et comédienne.
En octobre 2005, elle tient la partie de Else dans Fama de Beat Furrer. La création se fait à Donaueschingen dans une mise en scène de Christoph Marthaler et tourne entre autres aux festivals d’Amsterdam, Salzbourg, Vienne, Paris, Moscou et à la Biennale de Venise.

Avec l’Ensemble Contrechamps, Isabelle Menke interprète La Liseuse de Brice Pauset et en mai 2008 elle est «la femme» dans L’Espace dernier de Matthias Pintscher à Frankfort et à la Philharmonie de Cologne.