Germán Toro-Pérez débute ses études de composition avec Luis Torres Zuleta à Bogotá, Erich Urbanner et Karl-Heinz Füssl à l'Université de Musique et des Arts à Vienne. Il suit des cours avec Karl Österreicher et Peter Eötvös et poursuit des études d'électroacoustique et informatique musicale à Vienne et à l'Ircam à Paris.

Son catalogue comprend des compositions instrumentales, électroacoustiques et mixtes, ainsi que des travaux en collaboration avec le graphisme, la peinture et la vidéo expérimentale. Certaines de ses compositions font référence à des artistes tels que Mark Rothko, Adolf Wölfli, Michel-Ange, Fernando Pessoa, Jorge Luis Borges, Calvino, Juan Rulfo et José María Arguedas.

Il a reçu des subventions et des aides à la composition du ministère colombien de la Culture, de la République d'Autriche et du studio expérimental de Fribourg ainsi que le prix de composition à Bogotá, Bourges et en Autriche (Erste Bank 2001).

Ses œuvres sont jouées en Europe, en Corée du Sud et en Amérique lors de festivals comme Wien Modern, Klangspuren Schwaz, Bourges synthèse, Sonorities Belfast, Borealis Norvège, Humour y Aliento au Mexique, et WNMD Stuttgart. Il collabore avec des ensembles comme le Berliner Ensemble, Mondrian Bâle, New Century de Los Angeles, die Reihe, Mosaik, Klangforum de Vienne, entre autres. Il est co-fondateur du NewTonEnsemble.

De 1999 à 2006, il a été directeur du cours d'informatique musicale à l'Université de Musique et des Arts de Vienne, où il a été professeur invité de composition électroacoustique en 2006-2007. Depuis Octobre 2007, il est directeur de l'ICST et professeur de composition électroacoustique à l'Ecole des Arts de Zurich.