Jean-Philippe Wurtz fait ses études au Conservatoire National de Région de Strasbourg, où il obtient les premiers prix de piano, musique de chambre, analyse, harmonie, contrepoint. Il y travaille notamment avec Jean-Louis Haguenauer dont il devient l'assistant en 1993.
Il poursuit ses études à la Musikhochschule de Karlsruhe et reçoit aussi les conseils d’Ernest Bour qu’il rencontre à Strasbourg. Parallèlement, il est admis en tant qu’étudiant de l’International Eötvös Institute, qui lui permet de se perfectionner auprès de Peter Eötvös. Dans le cadre de cette formation, il est amené à diriger les ensembles Asko et Contrechamps, notamment lors des sessions de Szombathely (Hongrie) et du Centre Acanthes. En 1996 il est directeur musical de l’Ensemble du Nouveau Siècle. En 1997, il fonde l’ensemble LINEA, dédié à la création. Durant cette période il est
Il se produit notamment avec : l’Orchestre National de Montpellier Languedoc-Roussillon, l’Orchestre National de Bordeaux-Aquitaine, l’Orchestre National des Pays des Loire, l’ensemble oh ton, l’ensemble Alternance, le Kammerensemble Neue Musik Berlin, et a travaillé à l’Opéra National de Lyon, aux Opéras de Montpellier, au Vlaamse Opera (Anvers) et à l’Opéra National de Paris-Bastille, avec des metteurs en scène comme Robert Carsen, Alfredo Arias, Daniel Mesguich, John Dew et des chefs comme Armin Jordan, Stuart Bedford… Il a dirigé de nombreuses créations, dont des œuvres de Pagh-Paan, Lenot, Asmus, Yeznikian, Dufour, Heyn, Koch, Lang, Sprintz…..