Il a étudié avec Franz Dunkler à Feldkirch et avec Ludwig Streicher à Vienne. Après quelques années pendant lesquelles il joue énormément de concerts, en mettant un accent sur la musique ancienne et les techniques de jeu historiques authentiques, il se spécialise dans la musique contemporaine et devient membre de Klangforum Wien en 1987.
Il a travaillé depuis comme musicien d'ensemble aussi bien que soliste et
Uli Fussenegger est le fondateur et directeur du label de disques DURIAN Records. Il enseigne à la Haute École de Musique de Lucerne et aux cours internationaux pour la musique nouvelle à Darmstadt.