Junya Makino est né dans la ville japonaise de Shizuoka. Il commence à jouer du violon à l'âge de trois ans avec Toru Takao. De 2007 à 2011, il étudie auprès de Yasuo Mito et Machia Saito au Conservatoire de musique de Tokyo. Pendant ses études, il participe à de nombreux concerts en tant que premier violon de l'Université de musique de l'Orchestre Symphonique de Tokyo. De 2011 à 2014, il poursuit ses études auprès de Anke Schittenhelm à l'Université des Arts de Graz, en Autriche. Il participe à de nombreuses compétitions internationales dont le 4e Concours International Jascha Heifetz en Lituanie. Il suit également des
Lors de la saison 2015-2015, il participe à l’International Ensemble Modern Academy (IEMA) à Francfort. En tant que membre de l’IEMA, il se produit dans plusieurs festivals internationaux de musique contemporaine comme ManiFest, Gaudeamus Muziek festival, Witterner Tage für neue Kammermusik, Acht Brücken Musik-für Köln.
En 2015, il fonde le «Kroiser Ensemble» et organise le festival international de musique contemporaine « Kyiv Contemporary Music days » en Ukraine.
Actuellement, il poursuit un Master dans la classe de Rainer Schmidt (Hagen String Quartet) à l'Académie de musique de Bâle.