Le répertoire de Camilla Hoitenga s'étend de la période avant Bach jusqu'après Stockhausen et comporte aussi bien des concertos que des oeuvres pour flûte solo, des oeuvres de pointe (des plus modernes) pour vidéo et électronique et des projets interdisciplinaires. Ses enregistrements, en particulier ceux avec Kaija Saariaho, lui ont valu plusieurs récompenses en France, Grande-Bretagne et Amérique du Nord. Elle a interprété des concertos écrits pour elle par des compositeurs tels que Kaija Saariaho, Péter Köszeghy, Ken-Ichiro Kobayashi, Raminta Serksnyte, et travaillé avec des chefs tels que Marin Alsop, Jukka-Pekka Saraste, Susanna Mälkki, Alan Gilbert, Vladimir