Michael Pelzel est né en 1978 à Rapperswil (Suisse). Après l'obtention de la maturité à l'école cantonale de Wattwil, il étudie successivement à Lucerne, Bâle, Stuttgart, Berlin et Karlsruhe. Il étudie entre autres le piano chez Ivan Klánsky, l'orgue chez Jakob Wittwer, Martin Sander, Ludger Lohmann et Guy Bovet, ainsi que la composition chez Dieter Ammann, Detlev Müller-Siemens, Georg-Friedrich Haas, Hanspeter Kyburz et Wolfgang Rihm, ainsi que la théorie musicale chez Roland Moser et Balz Trümpy. Il a également suivi les cours de composition de Tristan Murail, Beat Furrer, Michael Jarrell, Klaus Huber, Brian Ferneyhough, György Kurtàg et Helmut Lachenmann. Il a participé aux cours d'été de Darmstadt de 2004 à2010, Acanthes, Metz et Royaumont.
Michael Pelzel travaille actuellement en tant que compositeur et organiste titulaire de la paroisse réformée de Stäfa au bord du lac de Zürich. Il effectue sporadiquement des remplacements dans le domaine de la théorie musicale à la Haute école de musique de Bâle et Berne et a animé des ateliers de composition aux universités de Johannesburg (University of the Witwatersrand), Stellenbosch et Pretoria (Afrique du Sud). En tant qu'organiste, Michael Pelzel a été invité à se produire à l'Eglise Suisse de Londres, aux cathédrales de San Francisco, Los Angeles, Sydney et Cape Town, ainsi qu'au Festival d'Orgue de Magadino. En tant que compositeur, il a collaboré avec plusieurs ensembles de musique contemporaine dont Collegium Novum, Zürich, Aequatuor-Ensemble, Zürich, ensemble Vortex,
Genève, ensemble zora, Aarau, Ensemble Phoenix, Bâle, ensemble alea III, Boston, ensemble recherche, Fribourg-en-Brisgau, ensemble mosaik, Berlin, klangforum wien, Linea Ensemble, Strasbourg, quatuor diotima, Paris, Arditti Quartet, London, ensemble intercontemporain, Paris, le chœur Team Chor, Jona, le chœur SWR Vokalensemble, Stuttgart, le Symphonieorchester des Bayrischen Rundfunks et le Basler Symphonieorchester. Ses œuvres ont été interprétées aux festivals Ensemblia, Mönchengladbach, Mouvements, Sarrebruck, Musica Viva, Munich, Darmstädter Ferienkurse für Neue Musik, Donaueschinger Musiktage, Ultraschall, Berlin, IGNM-Basel, IGNM Bern, Wien Modern, Klangspuren, Schwaz, Archipel, Genève, Tremplin, Paris, Lucerne Festival, Tage für Neue Musik, Zürich, Tel Aviv Museum, Tel Aviv, ainsi qu'à Art on Main à Johannesburg. Plusieurs de ses œuvres ont été diffusées à la radio et à la télévision.
Michaël Pelzel a reçu de nombreux prix et récompenses parmi lesquels le Prix de la Fondation Christoph Delz, Bâle et le Prix du concours Musica Viva, Munich en 2005, le Prix d'études de la Fondation Kiefer-Hablitzel, Berne en 2006 et 2007, Prix du concours Jurgenson, Moscou en 2007, Prix du concours Music today, Séoul en 2009, Bourse de la fondation Pro Helvetia pour une résidence d'artiste en Afrique du Sud en 2010, le Busoni-Kompositionspreis, Berlin en 2011, le Prix d'interprétation d'orgue Hans-Balmer, Bâle en 2012, Bourse du Visby International Centre for Composers (VICC), Suède en 2012, Prix UBS Förderpreis en 2013 et Bourse du berliner künstler programm daad pour une résidence d'artiste à Berlin en 2014.