Chaya Czernowin est née et a grandi en Israël. Après ses études en Israël, elle a continué d'étudier en Allemagne (DAAD), aux Etats-Unis, au Japon (Asahi Shimbun Fellowship) puis de nouveau en Allemagne (Akademie Schloss Solitude) ainsi qu'à Vienne. Sa musique a été jouée dans le monde entier par les meilleurs interprètes de musique contemporaine. Elle a été professeure à l'Université de San Diego en Californie et a été la première femme à
être nommée en tant que professeure de composition à l'Université de musique et des arts de Vienne (2006-2009) ainsi qu'à l'Université d'Harvard (depuis 2009). En compagnie de Jean-Baptiste Jolly, directeur de l'Académie Schloss Solitude et du compositeur Steven Kazuo Takasugi, elle a fondé l'académie d'été de Schloss Solitude pour les compositeurs. Takasugi et Czernowin enseignent tous deux au Tzlil Meudcan, stage international en Israël fondé par Yaron Deutsch de l'ensemble Nikel.