Musicien complet et polyvalent, Franck Marcon possède un répertoire étendu avec pour chaque projet et chaque époque une approche instrumentale, vocale, musicologique organologique extrêmement précise et historique. De nombreuses oeuvres contemporaines lui ont été dédiées ainsi qu'à son ensemble vocal Polhymnia.
Après avoir obtenu une licence d'histoire, Franck Marcon décide de se consacrer entièrement à la musique et entre au Conservatoire régional de Nice dans les classes d'orgue (René Saorgin, Jean-Luc Étienne) et de clavecin (Mireille Podeur). Après l'obtention d'un premier prix de clavecin et de musique ancienne, ainsi que d'un premier prix de musique de chambre au Conservatoire de Paris, il est admis à la Haute école de musique de Genève dans la classe de clavecin d'Alfonso Fedi où il se voit décerner un master de concert en 2005. Titulaire des orgues historiques Serassi de Tende, il se produit dans diverses formations baroques en tant que claveciniste.
Depuis 2009, Franck Marcon est accompagnateur et chargé de cours en musique baroque à la Haute école de musique de Genève. Il accompagne notamment les classes de Daniele Bragetti, Patrick Beaugiraud, Patrick Lehmann, Jacques Zoon, Svetlin Roussev, Aline Champion, Patrick Genet, François Guye, Ophélie Gaillard, Alfonso Venturieri. Il accompagne aussi régulièrement au sein du Concours international de Genève.
Franck Marcon a reçu, en juin 2003, un master de direction à la Haute école de musique de Genève dans la classe de Michel Corboz. Il a participé à plusieurs tournées de
l'Ensemble vocal de Lausanne. Franck Marcon est régulièrement engagé comme chef d'orchestre et chef de choeur.
Depuis septembre 2002, Franck Marcon dirige l'Ensemble vocal Polhymnia qui se consacre à la musique contemporaine et à l'ensemble du répertoire choral. C'est sous sa direction que l'Ensemble a représenté la Suisse au concours international du Florilège vocal de Tours et enregistré deux disques intitulés «Eternité» et «Charpentier - Gaudibert: Une mystique de l'ombre». Avec cet ensemble, il a commandé et dirigé des créations contemporaines de Jean-Louis Gand, Nicolas Bolens, Eric Gaudibert, Julien-François Zbinden, Jean-Sélim Abdelmoula, Francesco Hoch, Aki Nakamura et Xavier Dayer.
Depuis 2014, il a lancé avec l'Ensemble Polhymnia une saison de concert à Genève. Ses derniers projets autour de la Méditerranée avec une création de Xavier Dayer et la production des Lys de madrigaux de Maurice Ohana ainsi que Voice consacré à la voix a cappella avec des création de Nicolas Bolens et Xavier Dayer ont été particulièrement remarqués.
Pour 2019-2020, Franck Marcon engagera, avec Polhymnia, une première collaboration avec le Lemanic Modern Ensemble et l'HEMU de Lausanne autour de grandes oeuvres du répertoire avec orchestre de Bartok, le célèbre Clocks and Clouds de Ligeti et une création d'Aki Nakamura. Il dirigera également pour la première fois lors du Festival Archipel. Enfin, il dirigera, toujours avec Polhymnia, un projet ambitieux et engagé autour de la migration en Méditerranée avec deux nouvelles créations d'Arturo Corrales et Nicolas Bolens.