Altiste, Christophe Desjardins est engagé avec constance et passion dans deux domaines complémentaires: la création, pour laquelle il est un interprète très recherché des compositeurs de classe internationale, et la diffusion du répertoire de son instrument auprès du plus large public.

Il a créé en soliste des œuvres de Berio, Boulez, Boesmans, Jarrell, Fedele, Nunes, Levinas, Harvey, Stroppa et Rihm. Il joue en soliste avec des orchestres comme le Concertgebouw d'Amsterdam, les NDR, WDR et SWR Sinfonie Orchestern, l'Orchestre de la Fondation Toscanini, l'Orchestre National de Lyon, l'Orchestre Symphonique Portugais et bien d'autres ensembles et orchestres en Europe. Il est membre de l'Ensemble InterContemporain, après avoir été alto solo au Théâtre de la Monnaie de Bruxelles. Dans sa discographie, citons Diadèmes de Marc-André Dalbavie, sous la direction de Pierre Boulez, Surfing de Philippe Boesmans, Assonance IV et …some leaves II… de Michael Jarrell, Les Lettres enlacées II de Michaël Levinas et la Sequenza VI de Luciano Berio, enregistrée par Deutsche Grammophon. Le CD Voix d'alto consacré à Luciano Berio et Morton Feldman, paru en janvier 2005 sous le label AEON, a reçu les plus hautes récompenses: Diapason d'or, 4 F de Télérama, Choc du Monde de la Musique.

Pour faire découvrir et percevoir autrement la musique, il crée des spectacles avec d'autres arts, poésie, danse, vidéo: Il était une fois l'alto, Alto/Multiples, Quatre fragments pour Harold, Chansons d'altiste. Christophe Desjardins joue un alto de Capicchioni.