Pierre-Alain Monot a choisi de jalonner son parcours de chef d'orchestre en tentant d'illustrer la diversité et la richesse du répertoire du 20ème siècle et les premiers frémissements du nouveau siècle. Il a pu côtoyer des compositeurs comme Henri Pousseur, Salvatore Sciarrino, Georges Aperghis, Luc Ferrari ou encore Rudolf Kelterborn à l'occasion de la création ou de l'interprétation de leurs œuvres. Cela ne l'empêche pas de parcourir des pages de Mozart, Beethoven ou Schubert (son favori parmi les classiques), ni d'avouer sa passion pour Debussy, Mahler ou Zemlinski, et de programmer leurs œuvres.
Sa pratique de la direction d'orchestre s'est développée entre autre grâce à l'impulsion décisive de David Zinman.
Directeur artistique du Nouvel Ensemble Contemporain depuis 1995, il a dirigé le Tonhalle-Orchester de Zürich, le Musikkollegium de Winterthour l'Orchestre symphonique de Bienne, le Sinfonietta de Lausanne, l'Orchestre des Jeunesses musicales suisses 2004, la Kammerphilharmonie Graubünden, les Philharmonies de Rousse et Vratsa, l'Ensemble Bern Modern, le TaG Ensemble, l'Ensemble Arc-en-ciel, l'Ensemble Ö! et l'Ensemble Sonemus de Sarajevo, l'Ensemble Boswil, opera nova Zürich, l'Ensemble symphonique de Neuchâtel, le groupe de percussion Usinesonore et prochainement l'Ensemble Contemporain de Montréal et l'Ensemble Helix.
Pierre-Alain Monot enseigne également la musique de chambre à la Haute Ecole des Arts de Zürich.
Il a enregistré pour Claves et Grammont.
Pierre-Alain Monot a collaboré avec des solistes comme Maria Riccarda Wesseling, Donatienne Michel-Dansac, Philippe Huttenlocher, Jeannine Hirzel, Kornelia Bruggmann, Brigitte Hool, Daniel Gloger, Rahel Cunz, Patrick Demenga, Otto Katzameier, Lars Vogt, Olivier Darbellay, Heinrich Schiff...