Né en 1958 à Buenos Aires, Martin Matalon suit des études de composition à la Juilliard School of Music à New York, où il obtient le Masters en composition musicale et étudie parallèlement la direction d'orchestre avec Jacques-Louis Monod. Il reçoit en 1986 le prix Charles Ives de l'American Academy and Institute of Arts and Letters, le Holkamp-AGO Award (1988), et de nombreux prix de composition ASCAP et BMI. En 1989, son opéra Le Miracle secret, sur un texte de Jorge Luis Borges, est primé au concours «Opéra autrement» et créé au festival d'Avignon.

Il participe aux cours d'Olivier Messiaen et de Pierre Boulez durant les étés 1987 et 1988 au centre Acanthes et étudie en France grâce à une bourse de la fondation Fullbright en 1988 et 1989.

En 1989, il fonde à New York l'ensemble Music Mobile, dont il est le directeur artistique. Actuellement, il partage ses activités artistiques entre Paris et New York.

Le Centre Georges-Pompidou lui commande en 1992 une musique originale pour l'exposition consacrée à l'oeuvre de Jorge Luis Borges. Entre 1993 et 1995, il travaille à l'Ircam pour la musique du film Metropolis de Fritz Lang, et réalise également la musique pour l'installation multimédia Tunnel sous l'Atlantique.

Parmi ses oeuvres les plus récentes : Azul metalico pour guitare électrique et ensemble (Paris, 1992), Monedas de hierro pour ensemble (New York, 1993), et La Cifra pour quatre instruments (New York, 1994). En 1996, le Centro de Cultura Contemporanea de Barcelona lui commande une musique originale pour le film de Luis Buñuel Un Chien andalou : Las siete Vidas de un Gato.