Francisco Huguet est né le 20 février 1976 à San Salvador, El Salvador, où il étudie la guitare avec Walter Quevedo Osegueda et la composition avec German Cáceres Buitriago. Après avoir fini ses études d’ingénierie, il part en Suisse où il poursuit des études de composition auprès de Michael Jarrell, Luis Naon, Eric Gaudibert, Nicolas Bolens et Rainer Boesch à la Haute Ecole de Musique de Genève. En mai 2006, il reçoit la bourse de la Fondation Patiño - Ville de Genève, qui lui permet de séjourner à la Cité Internationale des Arts à Paris et d’étudier auprès de Frédéric Durieux et Yann Maresz au Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris dans le cadre d’un échange Erasmus. Il suit des masterclasses avec Klaus Huber, Peter Eotvös, Toshio Hosokawa, Stefano Gervasoni, Gérard Pesson et Marco Stroppa. Il est membre fondateur du Cuarteto Contemporáneo de Guitarraspuis de l’Ensemble Vortex à Genève, ensemble destiné à la création et à la diffusion de la musique contemporaine. En 2008, il compose 62(pour chef, clarinette basse, orchestre et électronique en temps réel), première d'une série de pièces utilisant la captation gestuelle des mouvements du chef pour le contrôle de l'instrument électronique. Récemment, il a été choisi pour suivre le cursus d'informatique musicale et composition à l'Ircam (Institut de Recherche Acoustique Musicale) à Paris.