Daniel Haefliger a travaillé avec de nombreux violoncellistes de renom dont Pierre Fournier et André Navarra. Musicien polyvalent, il se produit régulièrement comme soliste ou comme chambriste dans les grands centres musicaux comme Lucerne, Paris, Tokyo, Newcastle ou Sydney avec des partenaires comme Heinz Holliger, Dénes Várion ou Patricia Kopatchinskaia et des chefs tels Thierry Fischer, Pascal Rophé, Peter Eötvös ou Magnus Lindberg.

Avec le Quatuor Zehetmair, qui a gagné les plus hautes distinctions mondiales du disque et joue ses programmes par coeur, il s'est récemment produit dans toute l'Europe, notamment à la Philharmonie de Berlin et au Queen Elisabeth Hall de Londres.

En étroite collaboration avec des compositeurs comme György Kurtág, Brian Ferneyhough, György Ligeti, il a créé d'innombrables œuvres, certaines lui étant dédiées. Il a entre autres été violoncelle solo de l'ensemble Modern de Francfort et de la Camerata Bern. Il est membre fondateur des éditions musicologiques Contrechamps ainsi que violoncelle solo de l'Ensemble du même nom.

Au tournant du millénaire, il a fondé avec l'altiste Jürg Dähler et le flûtiste Felix Renggli la plus grande série de musique de chambre de Suisse dont les concerts ont lieu à Genève, Zurich, Bâle et Lugano : les Swiss Chamber Concerts. De nombreux enregistrements radiophoniques et autant de CDs avec des firmes comme Forlane (F), Stradivarius (I), Clavès (CH), Neos (D), ECM (D), etc. témoignent de ses multiples activités.
Daniel Haefliger enseigne la musique de chambre à la HEM de Lausanne et le violoncelle à Genève.

Il joue avec un instrument du luthier milanais Giovanni Grancino (1695).