De 1975 à 1977, Christian Marclay se forme à l'École supérieure d’art visuels de Genève puis entre au Massachusetts College of Art de Boston pour étudier la sculpture. En 1978, il participe au programme d’échange de la Cooper Union de New York (Union Cooper pour le développement de la science et de l'art). Il obtient une licence en arts en 1980.
Longtemps associé à John Zorn, Elliott Sharp, Butch Morris et le Kronos Quartet, il s’inspire notamment de Joseph Beuys, John Cage et du mouvement Fluxus.
Dès la constitution de son premier groupe, The Bachelors, Even (en hommage à Marcel Duchamp) en 1979, Christian Marclay est influencé par l’art contemporain et les enjeux d’une remise en cause des valeurs traditionnelles de l’art. Dès lors, il s’applique à brouiller les pistes plastiques et sonores de la création, transformant les sons et la musique en des figures physiques et visibles, dans le cadre de performances, de collages, de sculptures, d’installations, de photographies, ou encore de vidéos. Son utilisation des platines vinyles débute au milieu des années 1970 et questionne, tout comme les cultures rock et punk, l'usage marchand du disque vinyle et les industries culturelles. Ainsi, en 1989, pour l’installation Footsteps, il recouvre le sol d’une salle d’exposition de milliers de vinyles d’enregistrements de pas que raye la promenade du visiteur. Pour la série Body Mix (1991-1992), il assemble des pochettes d’albums afin de réaliser
Les œuvres de Christian Marclay sont largement exposées, notamment au Musée d'art moderne de San Francisco (2001), au Centre Pompidou à Paris (2000, 2002-2003), au Hammer Museum de Los Angeles (2003), au Seattle Art Museum, à la Tate Modern à Londres et au Palais de Tokyo en 2004, au Barbican à Londres (2005), au musée d'art moderne de Stockholm (Moderna museet) en 2006 et à la Cité de la musique à Paris (2007).
Comme musicien et Dj, il réalise des performances improvisées et mixe des disques vinyles modifiés sur des platines, superposant des genres musicaux variés en un collage dissonant aux sons altérés. Il participe à de nombreux enregistrements et se produit dans des lieux comme la Knitting Factory et la Kitchen à New York. Il a collaboré avec divers groupes de musiciens, dont Sonic Youth, le Kronos Quartet, Otomo Yoshihide, Ikue Mori, John Zorn et Arto Lindsay.
Actuellement, Christian Marclay vit et travaille à New York et à Londres.