Gérard Zinsstag est né en 1941 à Genève, où il a grandi et fait ses premières études (collège Calvin et Conservatoire de Musique de Genève). Il poursuit sa formation musicale d'abord au Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris (1961-63) puis à l'Accademia Chigiana à Sienne. De 1964 à 1967 il vit à Rome, voyageant à travers l'Europe en qualité de musicien flûtiste. En 1967, il rejoint l'orchestre de la Tonhalle à Zürich qu'il intégre jusqu'en 1975, date à laquelle il démissionne pour se consacrer exclusivement à la composition.

Zinsstag a étudié avec Hans Ulrich Lehmann au Conservatoire de Zürich (1973-1975) et avec Helmut Lachenmann à Stuttgart et Hanovre. Il a participé aux cours d'été de Darmstadt de 1976 à 1978 avant de passer une année aux États-Unis en 1979. La bourse du DAAD (office allemand d'échanges universitaires pour les artistes) à Berlin lui est attribuée (1981-1982) et en 1982 il est stagiaire à l'Ircam. Il a dirigé le festival Tage für neue Musik à Zürich depuis sa création en 1986 jusqu'en 1994. Il a participé à des séminaires et donné de nombreuses conférences (Bamberg, Berkeley, Moscou, Paris, Salzbourg, Taïpei, Zürich).