Élève de Klaus Huber, Emmanuel Nunes et Mathias Spahlinger en composition, il étudie également la théorie musicale avec Peter Förtig et la direction d’orchestre avec Peter Eötvös. De nombreux prix, distinctions et bourses accompagnent ses débuts de compositeur. Lauréat des fondations Bucchi à Rome (premier prix au concours de composition en 1985 et en 1987), Gaudeamus à Amsterdam, Strobel à Freiburg, entre autres, il s’illustre dans de nombreuses œuvres pour instruments solistes ou de musique de chambre. Il participe aux stages de la Junge Deutsche Philharmonie avec Mark Foster et Pierre Boulez et dirige de nombreux ensembles, dont l’Ensemble Recherche et l’Ensemble für Neue Musik de la Musikhochschule de Freiburg. A partir de 1991, Johannes Schöllhorn mène une carrière de pédagogue, à Freibourg d’abord, puis à Hanovre, Zürich, Royaumont, Pékin… En 1995, il reçoit le prix du comité de lecture de l’Ensemble Intercontemporain qui créé son Rondo pour violon et orchestre de chambre (1997). À La Trilogie minuscule, donnée en 1997 à l’amphithéâtre de l’Opéra Bastille, répond Rote Asche, créé à Lucerne en 2004 : deux opéras de chambre où s’expriment les préoccupations théâtrales du compositeur qui n’hésite pas à ancrer sa création dans des héritages choisis.